Imagerie tissulaire multiplexée PhenoCycler

Disponible sur la plateforme MicroPICell, le PhenoCycler présente le double avantage :

    - de révéler plusieurs dizaines de biomarqueurs
    - d’identifier leur localisation sur une même coupe

L’utilisation du PhenoCycler est accessible dès aujourd’hui aux laboratoires publics et structures privées.

• En savoir plus sur la technologie :

La compréhension de nombreux mécanismes ou désordres biologiques passe par l'étude du tissu dans son ensemble. Le contexte spatial est un élément clé dans de nombreuses stratégies thérapeutiques.

            Les méthodes de marquage traditionnelles par IHC (ImmunoHistoChimie) préservent le contexte spatial mais limitent l'étude à 2-3 biomarqueurs. Les nouvelles techniques "single cell" (type NGS, cytométrie en flux) permettent elles, une analyse multiparamétrique à l'échelle cellulaire mais détruisent le tissu.

Des avancées technologiques récentes ont permis de développer des méthodes d'imagerie tissulaire multiplexée qui conservent l'intégrité tissulaire. Ces techniques de protéomique spatiale varient par leur stratégie de révélation et permettent de mettre en évidence plusieurs dizaines de biomarqueurs sur une unique coupe de tissu.

Le PhenoCycler est un système automatisé constitué d'une plateforme fluidique couplé à un microscope à fluorescence (ZEISS Axio Observer avec une source lumineuse Colibri 7 LED). La méthode de multiplexing est basée sur une technologie de codes-barres : chaque anticorps PhenoCycler est couplé à une séquence unique oligonucléotidique qui est complémentaire à un reporter spécifique (séquence oligonucléotidique couplé à un fluorochrome). Quatre fluorochromes spectralement distinct (3 + DAPI) sont utilisés.

L'échantillon préparé sur lamelle est marqué en une seule étape avec le panel d'anticorps designé - plusieurs dizaines de biomarqueurs peuvent être imagés en une seule expérience.

La révélation des marquages est cyclique : à chaque cycle, 3 reporters PhenoCycler sont ajoutés pour révéler 3 marqueurs en même temps (+ marquage nucléaire DAPI). Après chaque cycle, les reporters sont décrochés et 3 nouveaux reporters sont ajoutés; l'opération est répétée autant de fois que nécessaire pour révéler tous les marqueurs d'intérêt dde l'échantillon.

Les données acquises sont traitées et analysées en utilisant des logiciels dédiés : par exemple phénotypage cellulaire, clustering, interaction et voisinage cellulaires...
 

CONTACTS

MicroPICell – une plateforme de l’unité de service BioCore
4e étage IRS-UN - 8 quai Moncousu, 44000 Nantes
Aurélie Doméné, ingénieure chargée d’étude
Perrine Paul-Gilloteaux, responsable scientifique de la plateforme
micropicell@univ-nantes.fr

BioCore (Inserm US 16/ CNRS UAR 3556 / Nantes Université UMS 3556 / CHU de Nantes)
Carine Gimbert, chargée de communication

Le PhenoCycler et la mise en place de la technologie sur la plateforme MicroPICell ont été financés par le LabEx IGO (Immunotherapy-Graft-Oncology), un programme transdisciplinaire labellisé par l'ANR (ANR-11-LABX-0016), avec le soutien de la Région Pays de la Loire.