Infrastructure SpOT

L’infrastructure Spatial Omics & Technologies (SpoT) réalise des analyses de biologie spatiale transcriptomique et protéique en Pays de la Loire.

Ces technologies de pointe analysent le transcriptome ou le protéome des cellules tout en préservant leur localisation physique et leurs interactions au sein du tissu.

Ainsi, la biologie spatiale permet de déterminer l’hétérogénéité cellulaire dans des échantillons complexes et de décrypter les communications intercellulaires par l’analyse du transcriptome ou protéome associée à leur proximité physique au sein du tissu.

De par son potentiel pour de nombreux domaines de la recherche en biologie et santé, l’analyse transcriptomique spatiale a été déclarée la méthode de l’année 2020 par le journal ‘Nature Methods'¹

¹ Marx V. Method of the Year: spatially resolved transcriptomics. Nat Methods Volume 18 Issue 1. 2021.

- accessibles à la prestation en 2026 -

SpOT offrira des solutions complètes pour l'analyse de tissus biologiques à haute résolution :

• Analyses transcriptomiques spatiales du transcriptome entier et des analyses plus ciblées subcellulaires.
• Analyses protéomiques spatiales.
• La création de TMA (Tissue MicroArrays)
• Une expertise pour la prise en charge optimale de tout type d'échantillons
• Une synergie avec d'autres plateformes.

Savoir-faire et Équipements

L’infrastructure SpoT se positionne en complémentarité et avec le support de structures existantes reconnues pour leur savoir-faire technique et scientifique.

Géré par SpOT et situé dans les locaux de
 Plateforme du Service Commun de Microscopie électronique, Microcaractérisation et Morpho-histologie-imagerie fonctionnelle

 Géré par SpOT et situé dans les locaux de

 Plateforme d'histologie, d'imagerie cellulaire et tissulaire et d'analyses d'images

 pour optimiser les analyses spatiales

Géré par SpOT et situé dans les locaux de

   Plateforme d'histologie, d'imagerie cellulaire et tissulaire et d'analyses d'images
 

 Géré par SpOT et situé dans les locaux de

Plateforme interne de génomique du CR2TI

 Complémentaire des analyses spatiales

Plateforme interne de génomique du CR2TI

Et Plateforme de génomique

nécessaires à la gestion des données générées au sein de l’infrastructure. 

plateforme de bioinformatique
Et   Groupement Ligérien pour le Calcul Intensif Distribué

Complémentarité

L’infrastructure SpOT est permise grâce au support de 9 laboratoires ligériens, pour la plupart regroupés au sein de la SFR Bonamy de Nantes :

Regenerative Medicine and Skeleton, RMeS Inserm UMR1229 / Nantes Université


Center for Research in Transplantation and Translational Immunology, CR2TI Inserm UMR1064 / Nantes Université


L’institut du thorax, Inserm UMR1087 / CNRS UMR6291 / Nantes Université



Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers, CRCI2NA Inserm UMR1307 / CNRS UMR6075 / Nantes Université,

incluant le partenariat avec l’institut de Cancérologie de l’Ouest (ICO)
 

Translational Research in Gene Therapy, TaRGeT Inserm UMR1089 / Nantes Université


The Enteric Nervous System in Gut and Brain Disorders, TENS Inserm UMR1235 / Nantes Université

 

Physiologie des Adaptations Nutritionnelles, PhAN INRAe UMR1280 / Nantes Université
 

Immunologie et Nouveaux Concepts en Immunothérapie, INCIT Inserm UMR1302 / CNRS EMR 6001 / Nantes Université
 

PAnTher 

Physiopathologie Animale et bioThérapie du muscle et du système nerveux, PAnTher INRAe UMR703

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L'infrastructure SpOT, au sein de l'UMS BioCore, est financée par la Région des Pays de la Loire dans le cadre de l'appel à projets « infrastructures de recherche ligériennes » de 2024.